Хирургия.

С. Ф. Багненко опубликовал свои исследования и опыт лечения в более чем 700 научных работах, включая 14 монографий, руководств и учебников. Он также является соавтором 21 патента на изобретения и 1 научного открытия.

Под его руководством были успешно защищены 8 докторских и 12 кандидатских диссертаций. С. Ф. Багненко активно развивает научную школу в области хирургии повреждений и заболеваний поджелудочной железы.

• «Медаль ордена за Заслуги перед Отечеством» II степени.
• Орден Пирогова.
• Медаль «В память 300-летия Санкт-Петербурга»
• Знаком «Отличник здравоохранения» и «Милосердие».
• Медаль «За заслуги перед отечественным здравоохранением».
• Медаль «За содружество во имя спасения».
• Лауреат премии Правительства Российской Федерации в области образования (2013 г.) и двух премий Правительства Российской Федерации в области науки и техники (2010, 2015 гг.).