Комплексные системные социо-эколого-экономические исследования крупнейших озер и внутренних морей их водосборов. Применение когнитивных моделей для решения системных задач. Количественная и качественная оценка водных ресурсов для разработки научных основ практического обеспечения экономики регионов Европейского Севера России. Рекомендации для законодательных и исполнительных органов (Федерального Собрания, Государственной Думы РФ, а также по запросу РАН (для Совета Безопасности РФ) по сохранению и рациональному использованию Ладожского и Онежского озер, выполнения мероприятий, предусмотренных Комплексным планом реализации Стратегии национальной безопасности Российской Федерации. Внедрение моделей термогидродинамики и экосистем для прогноза изменений озер при климатических и антропогенных воздействиях. Решение задач по рациональному использованию ресурсов, сохранению и восстановлению экосистем, долгосрочным прогнозам, разработки систем поддержки принятия управленческих решений.
 

• Диагноз и прогноз термогидродинамики и экосистем великих озер России. / под ред. Н. Н. Филатова. — Петрозаводск: КарНЦ РАН, 2020. 255 с.
• Ladoga and Onego — Great European lakes. Observations and Modelling. Eds. L. Rukhovets, N. Filatov. Springer. 2010. 302 p.
• Филатов Н.Н., Тержевик А.Ю. (Ред.) Белое море и его водосбор под влиянием климатических и антропогенных факторов. Петрозаводск: Карельский научный центр РАН, 2007. 335 с.
• Filatov N, Pozdnyakov D., Johannessen O., Petterseen L., Bobilev L. White Sea: Its Marine environment and Ecosystem dynamics influenced by global change. London. Springer-Praxis. 2005. 472 p.
• Kondratyev K., N.Filatov. (Eds). Limnology and Remote sensing. A Contemporary approach. London. Springer-Praxis. 1999. 412 p.
• Strongly nonlinear Internal waves in lakes: Generation, Transformation. Field Studies of Non-Linear Internal Waves in Lakes on the Globe / N. Filatov, A. Terzevik, R. Zdorovennov, V. Vlasenko, N. Stashchuk, K. Hutter // In the book: Ch.2– Springer, 2012. p. 25-106.
• Menshutkin, V.V. and Filatov, N.N., 2021. Modeling the Ecological-Socio-Economic System of the White Sea and its Watershed. Physical Oceanography, [e-journal] 28(1), pp. 104-121. doi: 10.22449/1573-160X-2021-1-104-121
• Филатов Н.Н., А. В. Литвиненко, М. С. Богданова. Современное состояние и динамика водного хозяйства субъектов Российской Федерации на территории бассейна Белого моря». «Арктика: экология и экономика». № 4. 2020.с. 1-33. DOI: 10.25283/2223-4594-2020-4-19-33
• Filatov N. N. The modern state and perspective investigations of hydrophysical processes and ecosystems of inland waters (a review). 2019, 12, 1, 3-14. doi: 10.7868/S2073667319010015
• Filatov Nikolay, Vyacheslav Baklagin, Tatyana Efremova, Larisa Nazarova & Nikolay Palshin (2019)/ Climate change impacts on the watersheds of Lakes Onego and Ladoga from remote sensing and in situ data, Inland Waters, 9:2, p.130-141. DOI: 10.1080/20442041.2018.1533355.

• Заслуженный деятель науки РФ, 2006 г.
• Заслуженный деятель науки Карелии, 2001 г.
• Почетный работник науки и высоких технологий». Приказ Минобрнауки России от 2 июня 2021 г. № 388.
• Золотая медаль им. Ф. П. Литке за исследования влияния изменений климата на крупные озера и моря Севера Евразии, 2020 г.
• Медаль М. В. Ломоносова «За вклад в науку и экологию» Российской экологической академии.2021