Начинал профессиональную научную деятельность, исследуя проблемы целей и задач юридической ответственности, а также особенностей правоотношений в уголовном праве, криминологии. 

Развивал идеи позитивного регулятивного воздействия норм уголовного права на общественные отношения.

С начала 2000-х годов, в связи с накопленным опытом практической управленческой деятельности в качестве декана факультета, проректора и затем ректора Санкт-Петербургского государственного университета, основной целью исследований стало решение задачи повышения эффективности управленческих механизмов, в первую очередь, в сфере образования и науки. Эти задачи решаются в рамках комплексного междисциплинарного подхода, который учитывает проблемы социальной коммуникации (особенно в официальной сфере использования русского языка в качестве государственного), совершенствования правового регулирования отношений в сфере образования и науки, а также разработки организационных механизмов, обеспечивающих повышение эффективности расходования бюджетных средств и использования имущества образовательных и научных государственных учреждений.

• Единство системы государственных вузов в современной России. Белов С.А., Линская Ю.В., Кропачев Н.М. Вестник Санкт-Петербургского университета. Менеджмент. 2020. Т. 19. № 2. С. 151-163.
• Понятие государственного языка. Белов С.А., Кропачев Н.М. Вестник Санкт-Петербургского университета. Язык и литература. 2020. Т. 17. № 1. С. 4-21.
• Мониторинг правоприменения в СПбГУ. Белов С.А., Кропачев Н.М., Ревазов М.А. Закон. 2018. № 3. С. 67-74.
• Что нужно, чтобы русский язык стал государственным? Белов С.А., Кропачев Н.М. Закон. 2016. № 10. С. 100-112.
• Russian law in brief: digest for foreign investors. Musin V.A., Kropachev N.M. Beijing, 2015. (5 edition)
• Русский язык: проблемы и тенденции. Кропачев Н.М. Русский мир.ru. 2015. № 11. С. 16-21
• О понятии международного терроризма. Кропачев Н.М., Мусин В.А. Известия высших учебных заведений. Правоведение. 2010. № 1 (288). С. 128-142.
• Система высшего юридического образования в России: состояние и перспективы развития. Кропачев Н.М., Попондопуло В.Ф., Филиппова М.В., Шевелева Н.А. Известия высших учебных заведений. Правоведение. 2004. № 5 (256). С. 4-20.
• Мир, безопасность и международное право: взгляд в будущее. Иваненко В.С., Колодкин А.Л., Кропачев Н.М. Известия высших учебных заведений. Правоведение. 2003. № 5 (250). С. 14-18.
• Уголовно-правовое регулирование. Механизм и система. Кропачев Н.М. Санкт-Петербургский государственный университет. Санкт-Петербург, 1999.

• Премия Президента РФ в области образования за 2001 год, 2002.
• Орден Почета, 2004.
• Нагрудный знак «Почетный работник юстиции России», 2004.
• Нагрудный знак «Почетный работник прокуратуры Российской Федерации», 2008.
• Премия Правительства РФ в области образования за 2007 год, 2008.
• Орден «За заслуги перед Отечеством» IV степени, 2009.
• Медаль имени А. Ф. Кони, 1999, 2010.
• Орден «За заслуги перед Отечеством» III степени, 2014.
• Орден Восходящего солнца III степени, Золотая и Серебряная звезда, 2016.
• Орден Александра Невского, 2019.